注意：因业务调整，暂不接受个人委托测试，望见谅。
北检(北京)检测技术研究院可以针对组织切片、活检样品、全血、血浆、血清、尿液、粪便、痰液、咽拭子、支气管灌洗液、土壤、水样等样品进行检测，可提供细菌群落结构分析、病原菌检测、耐药基因检测、基因组学研究、病原菌溯源等检测服务，能够针对国标、美标等检测标准对样品进行检测，北检院专注科研测试，致力于推动科技进步，出具的NGS细菌检测的检测报告多方认可。
检测样品
血液
粪便
组织样品：包括组织切片、活检样品等。这些样品通常用于研究细菌感染与疾病相关性，或者进行微生物组学研究。
血液样品：可以是全血、血浆或血清样品。这些样品通常用于检测血液中的细菌感染，如败血症。
尿液样品：尿液是常见的细菌感染样品，如尿路感染。NGS可以用于检测尿液中的细菌群落及其相关性。
粪便样品：粪便是研究肠道微生物组的重要样品。NGS可以用于检测肠道细菌群落，研究肠道菌群与健康或疾病之间的关系。
呼吸道样品：包括痰液、咽拭子、支气管灌洗液等。这些样品可以用于检测呼吸道感染的细菌，如肺炎。
环境样品：如土壤、水样等。NGS可以用于研究环境中的细菌群落结构和多样性
检测项目
细菌群落结构分析：通过对样品中的细菌DNA进行测序，可以了解细菌群落的组成和多样性。这对于研究不同环境中的细菌群落、肠道菌群和土壤微生物等具有重要意义。
病原菌检测：NGS可以用于检测样品中的病原菌，包括细菌感染的病原菌。通过对细菌基因组的测序，可以确定病原菌的种类和亚型，帮助诊断和治疗感染性疾病。
耐药基因检测：NGS可以用于检测细菌中的耐药基因，包括耐药性突变和耐药基因的存在。这对于指导抗生素治疗和监测耐药性的传播具有重要意义。
基因组学研究：NGS可以用于对细菌基因组进行全面的测序和分析，包括基因组结构、基因功能、基因组演化等方面的研究。这有助于深入了解细菌的生物学特性和适应性。
病原菌溯源：通过NGS技术，可以对疫情爆发或食品安全事件中的细菌进行追踪和溯源，帮助确定病原菌的来源和传播途径。
检测方法
样品处理和DNA提取：根据不同的样品类型，选择适当的方法提取细菌DNA。常见的方法包括商用DNA提取试剂盒、酚氯仿法、磁珠法等。
DNA文库构建：将提取到的细菌DNA进行文库构建，包括DNA片段化、连接测序适配体、PCR扩增等步骤。这些步骤可根据实验室的具体流程和使用的文库构建试剂盒进行操作。
测序：将构建好的DNA文库进行高通量测序，通常使用Illumina、Ion Torrent或PacBio等测序平台。测序的深度和覆盖度可以根据需求进行调整。
数据分析：对测序得到的数据进行生物信息学分析。这包括序列质量控制、去除污染序列、比对到参考基因组、物种鉴定、功能注释等步骤。数据分析的具体方法和软件工具取决于研究目的和数据类型。
结果解读和报告：根据数据分析结果，对细菌的种类、数量、耐药基因等进行解读，并生成相应的报告。结果解读需要结合临床或研究背景进行综合分析和解释。
检测仪器
Illumina
Ion Torrent
检测标准
参考文献：胸膜感染是一种常见的严重疾病，在世界范围内具有很高的发病率和死亡率。由于基于培养的病原体检测方法敏感性不足，且识别微生物有偏向性，因此人们对胸膜感染细菌学的了解仍不全面。作者设计该研究，目的是发现和调查感染胸膜的微生物组，并评估细菌模式与患者1年生存率之间的相关性。
TORPIDS(The Oxford Pleural Infection Metagenomics Studies)是2020年一个PILOT试验(探索性研究)的后续研究。263份胸腔积液标本进行了细菌DNA提取，然后进行16S rRNA NGS数据分析。这些样本中的243份来自确认的胸膜感染的成年患者，20份来自非感染性原因的胸腔积液患者。为了估计背景污染，作者对10个无模板对照样本(阴性对照组，PCR级水)采用了同样的方法进行分析。
16S rRNA NGS的数据分析
使用FastQC管线进行质量评估，并使用DADA2管线对原始16S rRNA NGS数据进行下游分析。对扩增子序列变体进行分类，如果无法分类到已知的门或只在阴性对照组的样品中发现，则将其删除。具有相同分类的扩增子序列变体被合并，那些少于100个reads的扩增子被删除。每个样品中X细菌的丰度计算公式为：样品Y中X细菌的reads数/样品Y的总reads数*100。丰度低于1%的细菌被删除。如果阴性样本中存在的细菌在PILOT样品中的丰度低于10%，则从每个PILOT样品中删除。
细菌分类
将确定的细菌分为九个不同的类型：厌氧菌(Anaerobes)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus)菌群、肺炎链球菌(S. pneumoniae)、分枝杆菌(Mycobacterium)、其他革兰氏阳性菌、其他革兰氏阴性菌和不可知的细菌。与肠杆菌科、金黄色葡萄球菌、咽峡炎链球菌菌群、肺炎链球菌和分枝杆菌有关的细菌被归入相应的组别。这五种病原体外的病原体，如果是严格意义上的厌氧菌则被划归为厌氧菌。剩下的病原体被归为其他革兰氏阳性菌或其他革兰氏阴性菌。如果一种细菌，在一个样本中发现且分类信息不完整，则被划分为不可知。
样本分类
为了探索结果与物种丰度之间的联系，作者根据主要病原体的丰度将样品分为五组，1种单微生物组和4种多微生物组。单微生物组中，主要病原体的reads占总reads数的100%(MM组)。四个多微生物组分别为PM1组，PM2组，PM3组和PM4组。划分标准分别是：主要病原体的丰度大于等于1%且小于25%(PM1组)、大于等于25%且小于40%(PM2组)、大于等于40%且小于60%(PM3组)、大于等于60%且小于100%(PM4组)。使用这四个不同的多菌种分组来探讨多菌种情况与病原体和病原体产生的影响的关系。
无监督聚类、相关性和微生物距离分析
为了研究细菌之间的关联并确定细菌模式，作者进行了无监督聚类分析，使用了欧氏距离和最远距离法，并使用R包Pheatmap进行图形绘制。此外，还进行了UMAP分析。为了探索不同样品之间的相关性，并进一步比较细菌组成，作者使用Spearman方法进行相关性分析，并使用R包corrplot进行图形绘制。为了研究β多样性(样本之间的微生物的异同)，使用weighted unifrac进行了微生物距离分析。研究结果
16S数据识别出245种不同的细菌种类
在243个PILOT研究样本中确定了245个不同的细菌种类(表1)。厌氧菌的平均丰度最高(占所有细菌reads数的33.5%)，其次是其他革兰氏阴性菌(27.5%)和咽峡炎链球菌菌群(11%)。厌氧菌中，梭杆菌属(Fusobacterium)、普氏菌属(Prevotella)、卟啉菌属(Porphyromonas)和微单胞菌属(Parvimonas)最为丰富，这些物种在口腔和牙齿微生物组中都有报道。在243个PILOT样本中，有165个样本(68%)检测到厌氧菌，143个样本(59%)检测到其他革兰氏阴性菌，而70个样本(29%)的咽峡炎链球菌菌群呈阳性。尽管其他革兰氏阳性细菌在各个样品中的丰度很低(6~9%)，但在73个样品(30%)中被识别出。肠杆菌科细菌存在于52个(21%)样本中，其平均丰度为8%;样本中的肠杆菌科中，大肠杆菌(Escherichia coli)和克雷伯氏菌属(Klebsiella)最为常见。在31个(13%)样品中检测到肺炎链球菌，平均丰度为10.5%。
检测流程
1、收到客户的检测需求委托。
2、确立检测目标和检测需求
3、所在实验室检测工程师进行报价。
4、客户前期寄样，将样品寄送到相关实验室。
5、工程师对样品进行样品初检、入库以及编号处理。
6、确认检测需求，签定保密协议书，保护客户隐私。
7、成立对应检测小组，为客户安排检测项目及试验。
8、7-15个工作日完成试验，具体日期请依据工程师提供的日期为准。
9、工程师整理检测结果和数据，出具检测报告书。
10、将报告以邮递、传真、电子邮件等方式送至客户手中。
检测实验室（部分）
检测优势
1、综合性检测技术研究院等多项荣誉证书。
2、检测数据库知识储备大，检测经验丰富。
3、检测周期短，检测费用低。
4、可依据客户需求定制试验计划。
5、检测设备齐全，实验室体系完整
6、检测工程师专业知识过硬，检测经验丰富。
7、可以运用36种语言编写MSDS报告服务。
8、多家实验室分支，支持上门取样或寄样检测服务。
结语
以上是关于NGS细菌检测的检测服务介绍，仅展示了部分检测样品和检测项目，如有其它需求或疑问请咨询在线工程师。
